http://www.moj.go.jp/MINJI/minji05_00058.html

「東北地方太平洋沖地震に伴う津波などの被害により権利証（登記済証・登記識別情報通知書）を紛失された場合もあると考えられます。しかし，この権利証の紛失によって不動産（土地・建物）の所有権等の権利を失うことはありません。
権利証は，登記の申請をする際に，本人確認資料として登記所に提出していただくものですが，登記をするには，権利証のほかに，所有者の印鑑証明書等の本人確認資料も必要となりますので，権利証を紛失しただけで，直ちに所有権の移転の登記や抵当権の設定の登記が不正にされるなどして，登記記録上の権利関係が変わることはありません。
また，権利証を紛失したからといって不動産の売却等の処分ができなくなるわけでもありません。
なお，紛失した権利証を再発行することはできませんが,不正な登記がされることを予防する方法として，不正登記防止申出制度（注２）がありますので,詳しくは，最寄りの登記所に御相談ください。」